A las 13.15 de 1 de julio de 1974, se lo declaró oficialmente su muerte. El certificado de defunción, firmado por los doctores Pedro Cossio, Jorge Taiana, Domingo Liotta y Pedro Eladio Vázquez, indicaba que Perón “ha padecido una cardiopatía isquémica crónica con insuficiencia cardíaca, episodios de disritmia cardíaca e insuficiencia renal crónica, estabilizadas con el tratamiento médico. En los recientes días sufrió agravación de las anteriores enfermedades como consecuencia de una broncopatía infecciosa. El día 1° de julio, a las 10.25, se produjo un paro cardíaco del que se logró reanimarlo, para luego repetirse el paro sin obtener éxito todos los medios de reanimación de que actualmente la medicina dispone. El teniente general Juan Domingo Perón falleció a las 13.15″.
Una hora más tarde, Isabel lo comunicaba al país por cadena nacional. “Con gran dolor debo transmitir al pueblo el fallecimiento de un verdadero apóstol de la paz y la no violencia”.
Tras varios días de duelo nacional, en los que el cuerpo fue velado en el Congreso de la Nación por cientos de miles de personas, los restos fueron trasladados a una cripta en la Quinta Presidencial de Olivos. El 17 de noviembre de 1974 los restos de Evita, que habían quedado en España, fueron trasladados por el gobierno de María Estela Martínez de Perón y depositados en la misma cripta. Mientras tanto, el gobierno comenzó a proyectar el Altar de la Patria, un mausoleo gigantesco que albergaría los restos de Juan Perón, Eva Duarte de Perón, y todos los próceres de la Argentina.
Mientras se encontraba el cuerpo en el Congreso, desfilaron ante el féretro 135 mil personas; afuera, más de un millón de argentinos quedaron sin dar el último adiós a su líder. Dos mil periodistas extranjeros informaron de todos los detalles de las exequias.
Con la huida de López Rega del país y la caída del gobierno de Isabel, las obras del Altar de la Patria fueron suspendidas y los restos fueron trasladados al Cementerio de la Chacarita, en Buenos Aires.
El 17 de octubre de 2006, sus restos fueron trasladados a la quinta de San Vicente, la cual le perteneció en vida y luego se convirtió en un museo en su honor. Durante el traslado se produjeron disturbios entre sectores del sindicalismo.
